Kateřina Čapková vyučuje na Filozofické fakultě, Univerzity Karlovy a také na New York University in Prague. Ve svém výzkumu se zaměřuje na novodobé židovské dějiny v Evropě, dějiny uprchlíků a migrace a na dějiny Romů a Sintů. Její Czechs, Germans, Jews? National Identity and the Jews in Bohemia (2012; česky Češi, Němci Židé?, 2005 a 2014) byl americkým časopisem Choice označen jako Vynikající akademický titul roku 2012. S Michalem Franklem je spoluautorkou Unsichere Zuflucht (2012; česky Nejisté útočiště, 2008 a 2023), která je o lidech utíkajících do Československa z nacistického Německa a Rakouska. Spolu s Hillelem Kievalem je spolueditorkou knihy, která přináší nový výklad dějin Židů v českých zemích od raného novověku po současnost Prague and Beyond: Jews in the Bohemian Lands (2021; německy 2020; česky Židé v českých zemích, 2022). Spolu s Eliyanou Adler je spolueditorkou knihy Jewish and Romani Families in the Holocaust and its Aftermath (2020) a spolu s Kamilem Kijkem knihy Jewish Lives under Communism. New Perspectives (2021). V roce 2016 iniciovala založení Pražského fóra pro romské dějiny při Ústavu pro soudobé dějiny, které je od roku 2025 jedním z vědeckých center Filozofické fakulty Univerzity Karlovy.